Donanım üreticileri, kullanıcılara güvenli önyükleme özelliğini kapatma şansı veriyorlar. Ancak bunu vermemek de ellerinde - dolayısıyla dilerlerse Windows dışında bir işletim sistemini çalıştırmaya tamamen engel olabilirler. Pratikte çift önyüklemenin tamamen engellenmesi olası görünmese de Linux üreticileri ve Linux Foundation, UEFI'nin nasıl kullanıma geçeceği konusunda endişeliler.
Red Hat ve Canoncial, "UEFI Secure Boot Impact on Linux" adındaki raporda Microsoft'un güvenli önyükleme önerisinin donanım sahibinin denetimini ortadan kaldırdığına ve açık kaynak kodlu yazılımları çalıştırmaya engel olabileceğine dikkat çekiliyor. Windows 8 2012'nin ilerleyen aylarında ortaya çıkacak, ancak rapor, UEFI destekli sistemlerin Windows 8'e hazırlık olarak 2012'nin birinci çeyreğinde çıkabileceğini vurguluyor.
Red Hat ve Canoncial, UEFI güvenli önyüklemenin zararlılara, rootkit'lere karşı avantaj sağladığını kabul ediyor. Ancak Linux ve diğer alternatif işletim sistemlerinin yüklenmesine olabilecek potansiyel etki nedeniyle, açık kaynak üreticileri bazı önerilerde bulunuyorlar.
Bu öneriler arasında "OEM'lerin güvenli önyüklemenin bir firmware yapılandırma arayüzü yoluyla kolaylıkla açılıp kapatılabilmesine izin vermesi", "sistem firmware'indeki anahtarları yapılandırmaya yönelik standartlaştırılmış bir mekanizma sunulması" ve "donanımın kurulum modunda sevk edilmesi", dolayısıyla kullanıcıya daha fazla denetim sağlanması var.
